Стартиране на задачи в контейнери

Изчислителният клъстер Physon поддържа изпълнението на задачи в среда на singularity контейнери. Можете да използвате готови контейнери които се намират в споделената папка на изчислителният клъстер /opt/containers/singularity.

ѝа да разберете как можете да изпълнявате задачи в контейнери нека разгледаме едно примерно изпълнение на задача в QuTiP контейнер:

Изпълнение на интерактивна задача:

qlogin -l h_rt=2:0:0
module load singularity
singularity shell /opt/containers/singularity/anaconda-2020.11-qutip-4.5.simg
. /usr/local/etc/profile.d/conda.sh
conda activate tf
python my_script.py

Изпълнението на неинтерактивна задача изисква да се създаде batch скрипт, qutip.job с примерно съдържание:

#!/bin/bash
#$ -cwd
#$ -l h_rt=4:0:0
#$ -N my_task_name
module load singularity
export IMAGE_BASE=/opt/containers/singularity
singularity exec $IMAGE_BASE/anaconda-2020.11-qutip-4.5.simg bash \
  -c ". /usr/local/etc/profile.d/conda.sh && conda activate tf && python my_script.py"

който batch скрипт може да бъде изпълнен с помощта на командата qsub:

qsub qutip.job